# E. Coli 16S.  The secondary structure (base pair list) is
an old one. Objective is to exemplify the speed with which
an initial 3D structure can be generated for large sequences.

> ec16s
AAATTGAAGAGTTTGATCATGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACACATGCAA
GTCGAACGGTAACAGGAAGAAGCTTGCTTCTTTGCTGACGAGTGGCGGACGGGTGAGTAA
TGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCAT
AACGTCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCTTCGGGCCTCTTGCCATCGGATGTGCCCAGATG
GGATTAGCTAGTAGGTGGGGTAACGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAGA
GGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGG
GGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTATGAAGAAGGCCT
TCGGGTTGTAAAGTACTTTCAGCGGGGAGGAAGGGAGTAAAGTTAATACCTTTGCTCATT
GACGTTACCCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAG
GGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGCGGTTTGTTAAGTCA
GATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATCTGATACTGGCAAGCTTGAGTCTC
GTAGAGGGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACC
GGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCA
AACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGTCGACTTGGAGGTTGTGCC
CTTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTAACGCGTTAAGTCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCA
AGGTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAAT
TCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCACGGAAGTTTTCAGAGATGAG
AATGTGCCTTCGGGAACCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGA
AATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGGTCCGGC
CGGGAACTCAAAGGAGACTGCCAGTGATAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC
ATCATGGCCCTTACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGCATACAAAGAGAAGCG
ACCTCGCGAGAGCAAGCGGACCTCATAAAGTGCGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAAC
TCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGATCAGAATGCCACGGTGAATACGT
TCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTGGGTTGCAAAAGAAGTAGGT
AGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAA
CAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTA 

$ list1
    9    25
   10    24
   11    23
   12    22
   13    21
   27   556
   28   555
   29   554
   30   553
   32   552
   33   551
   34   550
   35   549
   36   548
   37   547
   39   403
   40   402
   41   401
   42   400
   43   399
   44   398
   45   396
   46   395
   47   394
   52   359
   53   358
   54   357
   56   356
   57   355
   58   354
   66   103
   67   102
   69    99
   70    98
   73    97
   74    96
   75    95
   76    93
   77    92
   78    91
   79    90
   80    89
   81    88
   82    87
  113   314
  114   313
  115   312
  122   239
  123   238
  124   237
  125   236
  126   235
  127   234
  128   233
  131   231
  132   230
  136   227
  137   226
  138   225
  139   224
  140   223
  141   222
  142   221
  144   178
  146   176
  147   175
  149   173
  150   172
  153   168
  154   167
  155   166
  156   165
  157   164
  158   163
  184   193
  185   192
  186   191
  198   219
  199   218
  200   217
  201   216
  202   215
  203   214
  206   212
  207   211
  240   286
  241   285
  242   284
  243   283
  244   282
  245   281
  247   277
  248   276
  249   275
  252   274
  253   273
  254   272
  255   271
  256   270
  257   269
  258   268
  259   267
  289   311
  290   310
  291   309
  292   308
  293   304
  294   303
  295   302
  296   301
  316   337
  317   336
  318   335
  319   334
  320   333
  322   331
  339   350
  340   349
  341   348
  342   347
  368   393
  369   392
  370   391
  371   390
  375   388
  376   387
  377   386
  378   385
  379   384
  406   436
  407   435
  408   434
  409   433
  416   427
  417   426
  418   425
  419   424
  437   497
  438   496
  439   495
  440   494
  442   492
  443   491
  444   490
  445   489
  446   488
  455   477
  456   476
  457   475
  458   474
  459   473
  460   472
  461   471
  462   470
  500   545
  501   544
  502   543
  503   542
  504   541
  511   540
  512   539
  513   538
  514   537
  515   536
  516   535
  517   534
  567   883
  568   882
  569   881
  577   764
  578   763
  579   762
  580   761
  584   757
  585   756
  586   755
  587   754
  588   651
  589   650
  590   649
  591   648
  592   647
  593   646
  594   645
  596   644
  597   643
  598   640
  599   639
  600   638
  601   637
  602   636
  603   635
  604   634
  605   633
  606   632
  612   628
  613   627
  614   626
  615   625
  616   624
  617   623
  655   751
  656   750
  657   749
  658   748
  659   747
  660   745
  661   744
  662   743
  666   740
  667   739
  668   738
  669   737
  670   736
  671   735
  672   734
  673   717
  677   713
  678   712
  679   711
  680   710
  681   709
  682   708
  683   707
  684   706
  688   699
  689   698
  690   697
  725   732
  726   731
  769   810
  770   809
  771   808
  772   807
  773   806
  774   805
  775   804
  783   799
  784   798
  785   797
  786   796
  821   879
  822   878
  823   877
  824   876
  825   875
  826   874
  827   873
  829   857
  830   856
  831   855
  832   854
  833   853
  834   852
  835   851
  836   850
  837   849
  838   848
  839   847
  840   846
  861   868
  862   867
  894   905
  895   904
  896   903
  897   902
  921  1396
  922  1395
  923  1393
  924  1392
  925  1391
  927  1390
  928  1389
  929  1388
  930  1387
  931  1386
  932  1385
  933  1384
  938  1345
  939  1344
  940  1343
  941  1342
  942  1341
  943  1340
  946  1235
  947  1234
  948  1233
  949  1232
  950  1231
  951  1230
  952  1229
  953  1228
  954  1226
  955  1225
  960   975
  961   974
  962   973
  963   972
  984  1221
  985  1220
  986  1219
  987  1218
  988  1217
  989  1216
  990  1215
  997  1044
  998  1043
  999  1041
 1000  1040
 1001  1039
 1002  1038
 1003  1037
 1006  1023  
 1007  1022
 1008  1021
 1009  1020
 1010  1019
 1011  1018
 1012  1017
 1025  1036
 1027  1034
 1028  1033
 1046  1211
 1047  1210
 1048  1209
 1050  1208
 1051  1207
 1052  1206
 1055  1205
 1056  1204
 1057  1203
 1058  1199
 1059  1198
 1060  1197
 1061  1195
 1063  1193
 1064  1192
 1065  1191
 1068  1107 
 1069  1106
 1070  1105
 1071  1104
 1072  1103
 1073  1102
 1074  1083
 1075  1082
 1076  1081
 1086  1099
 1087  1098
 1088  1097
 1089  1096
 1113  1187
 1114  1186
 1115  1185
 1116  1184
 1118  1155
 1119  1154
 1120  1153
 1121  1152
 1122  1151
 1123  1150
 1124  1149
 1128  1144
 1129  1143
 1132  1142
 1133  1141
 1134  1140
 1135  1139
 1161  1175
 1162  1174
 1163  1173
 1164  1172
 1165  1171
 1241  1296
 1242  1295
 1243  1294
 1244  1293
 1245  1292
 1246  1291
 1247  1290
 1253  1284
 1254  1283
 1255  1282
 1258  1277
 1259  1276
 1263  1272
 1264  1271
 1265  1270
 1308  1329
 1309  1328
 1310  1327
 1311  1326
 1312  1325
 1313  1324
 1314  1323
 1350  1372
 1351  1371
 1352  1370
 1353  1369
 1354  1368
 1355  1367
 1356  1366
 1409  1491
 1410  1490
 1411  1489
 1412  1488
 1414  1486
 1415  1485
 1416  1484
 1419  1481
 1420  1480
 1421  1479
 1422  1478
 1423  1477
 1424  1476
 1425  1475
 1426  1474
 1427  1473
 1428  1472
 1429  1471
 1430  1470
 1435  1466
 1436  1465
 1437  1464
 1438  1463
 1439  1462
 1440  1461
 1442  1460
 1443  1459
 1444  1458
 1445  1457
 1448  1455
 1449  1454
 1506  1529
 1507  1528
 1508  1527
 1509  1526
 1510  1525
 1511  1524
 1512  1523
 1513  1522
 1514  1521
 1515  1520
